Механизм Shuffle по директориям и альбомам работает. Просто нужно понимать сам смысл этого режима:
Shuffle(albums) (к примеру) - треки внутри альбома проигрываются по порядку, а как только достигнут конец альбома - плеер СЛУЧАЙНЫМ образом выбирает следующий, и проигриывает по порядку все треки там. И так далее.
Shuffle(directories) работает аналогично, но с директориями..
По поводу режима случайного воспроизведения треков в пределах текущего альбома/папки - так это бурно обсуждалось на
оффициальном форуме fb2k, но по-моему разработчики не собираются включать этот режим в последующие версии, да и плагинов я таких не видел.